雖然「製作委員會」的操作概念，自1995年由《新世紀福音戰士》成功實踐以來，已成為動漫業界普遍認同的經營範例；但對臺灣而言，下列原生於我國動漫產業的體質問題，卻令「製作委員會」的模式與經驗，難以進行複製及挪用：
（一） 知名原作與消費信心問題
（二） 經營型態與合作模式問題
（三） 專業跨度與技術整合問題
首先，由於諸多外在條件與歷史遠因的影響，令我國動漫產業的運作模式，目前已大幅倒向外來作品的代理經營，因此，長久累積的閱讀慣性，也使得國內愛好與願意進行動漫消費的群眾，普遍無感於國人原創的作品，甚至基於銷售數字、知名度、能見度等比較心態，產生程度不等的負面觀感。這樣的現況，無疑將嚴重影響「製作委員會」機制運作；畢竟，如果漫畫原作並未具備與《航海王One Piece》相去不遠的市場能量，無論對於消費者或投資者而言，都將缺少重要的吸引要素。
再者，也由於我國消費市場與動漫業界，已長期瞭解並身處在上述窠臼之中，因此，以本土原創作品而言，坊間目前漫畫事業、動畫事業與創作事業三者之間，其實並未建立實質而完整的聯結機制。就現況而言，，我國所謂漫畫事業，一般以出版單位為核心。不過，除了少數單位仍集中發展國人原創之外，多數出版事業體，仍大量經營外國作品的導入與銷售。這樣的情形，不僅難以聚焦亮點作品、無法觸發國人漫畫之於動畫轉製的合作契機，創作者與出版單位之間，也無從建立長期而穩定的合作關係。於是，漫畫創作者便逐漸改以圖像工作者的身份逕行營生，兼職或轉職為商品設計、美術設定、原畫代工等圖像應用產業的生產者。
其三，基於前述兩大癥結，我國動漫產業內外，雖然同樣也有音樂產業、玩具產業、用品產業、遊戲產業、媒體產業的存在；但長期脫鉤（甚至陌生）於原創型動漫合作專案的結果，卻使得彼此對於以作品轉製為前提的技術整合，都具有程度不等的認知差異。以動漫音樂與周邊商品為例，我國至今其實仍未出現明確而可供依循的成功典範。這不僅說明我國動漫相關產業之於跨界合作的障礙，同時也呈現了我國動漫文化的長年蘊釀，實則並未扎根為在地化的發展模式，更嚴重缺少相關議題的探討、理論專業的研究。
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